Infrastrukturafgifter er de afgifter, som et jernbaneselskab betaler for at benytte jernbanenettet.
Afgifterne betales til infrastrukturforvalteren, som ejer jernbanenettet.
For kørsel på statens jernbaneinfrastruktur betaler jernbanevirksomhederne togkilometerafgift samt broafgifter for passage af Storebælt og Øresund. Disse afgifter beregnes samlet som infrastrukturafgifter og anvendes til at finansiere Banedanmarks virksomhed.
Infrastrukturafgifterne er omkostningsbestemte og fastsættes på ny hvert fjerde år. I de mellemliggende år bliver infrastrukturafgifterne indeksreguleret.
Banedanmark har et bod/bonus system, som hhv. økonomisk straffer og belønner jernbaneselskaber i forhold til forsinkelser. Afgifterne opkræves af Banedanmark efter de satser og øvrige vilkår, som fremgår af den til enhver tid gældende bekendtgørelse om infrastrukturafgifter m.v. for statens jernbanenet.
Satserne og øvrige principper for afgiftsopkrævningen i førnævnte bekendtgørelse skal være i overensstemmelse med den til enhver tid gældende bekendtgørelse om betaling for brug af statens jernbanenet og om miljøtilskud til godstransport på jernbane. Bekendtgørelsen indeholder blandt andet krav om, at togkilometerafgiften skal fastsættes som den omkostning, der påløber direkte som følge af et gennemsnitligt togs kørsel på jernbaneinfrastrukturen (marginalomkostningsprincippet).
Herom kan henvises til Jernbanenævnets vejledende udtalelse i JN34-00031 om DB Schenker RS´ klage over Banedanmarks fastsættelse af infrastrukturafgifter, hvor nævnet fandt, at den daværende sats for togkilometerafgiften var fastsat i overensstemmelse med marginalomkostningsprincippet.
Endvidere kan henvises til Kommissionens gennemførelsesforordning om beregning af de omkostninger, der påløber direkte som følge af jernbanedriften.
Banedanmarks afgørelser vedrørende jernbaneinfrastrukturafgifter kan påklages til Jernbanenævnet.